De origen incierto, el nombre de Arafo aparece citado documentalmente por primera vez en las Datas de Tenerife cuando el 29 de noviembre de 1504 el Adelantado Alonso Fernández de Lugo concede a Hernando de Fuentes una cantidad de tierras "en el pago de Guymar, en Arafo que linda con un barranco que se llama Ayavingo". Asimismo, en 1604, Antonio de Viana en su poema Antigüedades de las Islas Afortunadas se refiere a Arafo como un valiente sigoñé, que siguió a Guetón, hijo de Añaterve, al romper con su padre ya que no aceptó la paz concertada con Fernández de Lugo. Por ello se trasladaron a los dominios del Bencomo, en el menceyato de Taoro. Cuenta Viana que el noble guanche Arafo participó en la lucha contra los conquistadores, hasta perder la vida en la batalla de Acentejo No hay constancia histórica de la existencia de este personaje, que probablemente se deba a la imaginativa poética de Viana.
En cualquier caso pudiera lanzarse la hipótesis de que el lagar tomó el nombre de Arafo porque estaba gobernado por este achimencey, que bien pudiera ser especialmente el angosto barranco del mismo nombre que quedó anegado por las coladas del volcán de Las Arenas en 1705 dependiendo a su vez del gran menceyato de Güímar, en el que la penetración castellana era ya una realidad con anterioridad a la conquista militar a través de la evangelización llevada a cabo con la aparición de la Virgen de Candelaria a mediados del siglo XV. Este importante suceso, unido a los pactos de no agresión concertados entre Añaterve y los conquistadores a cambio de garantizar la libertad y el derecho de propiedad de los indígenas hicieron que el menceyato formara parte de los llamados bandos de paces, junto con Anaga, Abona y Adeje.
Lo cierto es que la zona fue una importante ruta de trashumancia aborigen, primando la ganadería como actividad dominante frente a una agricultura limitada y en la que se han hallado una serie de interesantes yacimientos aborígenes desde la Playa de la Viuda hasta el barranco de las Viñas Viejas. El topónimo Arafo ya aparece plenamente consolidado documentalmente para referirse el núcleo originario del pueblo, sito en las zonas de El Aserradero y Perdomo a través de los protocolos del escribano público Sancho de Urtarte (1573-1850), por los que conocemos además los cultivos, medios de vida y naturaleza de sus habitantes.